Phylocom使用メモ(2013年2月19日:横川昌史 作成) Phylocomはコマンドプロンプトを使用したソフトウェア。 まずは、パスの設定を行う。 "My computer>システムのプロパティ>システムの詳細設定>環境変数>システム環境変数" からphylocom.exeがあるフォルダを指定してやる。 例えば"C:\Program Files (x86)\phylocom" "すべてのプログラム>アクセサリ" からコマンドプロンプトを立ち上げて、ディレクトリをphylocomがあるフォルダに指定する。 注意!:おそらくvista以降だと管理者として実行して立ち上げないとフォルダにアクセスできない。 "cd.."とコマンド入力するとディレクトリを一つ上層にフォルダに指定する "cd xx"とコマンド入力するとディレクトリを一つ下層のxxというフォルダに指定する "phylocom"とコマンド入力するとphylocomが立ち上がる。 phylomaticで作っておいたnewickフォーマットの系統樹はbranch lengthsが含まれてないのでbranch lengthsの入ったファイルを作成する。 branch lengthsを付けるためには各ノード(分岐点)のageを使ってBLADJというソフトで内挿する。 BLADJはphylocomに内装されている。 自分でageを推定するかリファレンスを参照することになるが、Wikstrom et al. (2001) のageを使うのが一番シンプル。 "http://svn.phylodiversity.net/tot/megatrees/ages" にWikstrom et al. (2001) に基づいたageファイルがある。 newickフォーマットの系統樹ファイルをphylo(拡張子なし)にし、ageファイルの名前をages(拡張子なし)にして、phylocom.exeのあるフォルダに格納する。 コマンドプロンプト上でphylocom bladjと入力すると、ageの入ったnewickを吐き出す。 ファイルに出力するにはphylocom bladj>mytree.new入力する。mytree.newは任意のアウトプットファイル名でよい。 ageの入ったnewickファイルを用いて、phylocomやpicanteで系統を考慮した群集解析ができる。 ※Phylomatic version 3では"clean=true"(Strip all single-descendent nodes)にチェックを入れてから解析しないとPhylocomでbranch lenghtsを入れる際にエラーになる。 引用文献 Wikstrom N, Savolainen V, Chase M (2001) Evolution of the angiosperms: calibrating the family tree.Proceedings of the Royal Society of London B: Biological Sciences 268:2211-20. Website Phylocom(http://phylodiversity.net/phylocom/) Phylomatic(http://phylodiversity.net/phylomatic/)